Постоянно действующим коллегиальным органом управления Ассоциации организаций и работников гидроэнергетики «Гидроэнергетика России» является Наблюдательный совет Ассоциации. Основной функцией Наблюдательного совета Ассоциации является осуществление общего руководства деятельностью Ассоциации.